아스파트산과 글루탐산은 2개의 카복실기와 하나의 아미노기를 가지고 있다. 강산에서는 이들 세 작용기가 산성 형태로 존재한다. pH가 높아짐에 따라 용액은 더욱 염기성을 띠게 되고 각 작용기는 연속적으로 양성자를 잃는다. 아스파트산의 등전점 즉, 주로 중성의 쌍극자 형태로 존재하는 pH는 2.87이다.
염기성 작용기 2개와 카르복실기 1개를 가지는 아미노산의 경우에는 상황이 다르다. 아르지닌과 히스티딘에 있는 두번째 염기성 작용기는 간단한 아미노기가 아니다. 이들은 파란색깔로 나타낸 바와 같이, 각각 구아니딘기와 이미다졸고리이다.
이미 살펴본 바와 같이 아미노산의 전하는 아미노산이 처한 pH에 의존한다. 전기영동은 이러한 전하 차이를 이용하여 아미노산을 분리하는 중요한 방법이다. 전형적인 전기영동 실험에서는 아미노산의 혼합물을 종이와 같은 고체 지지층에 놓고 어떤 pH의 수용액에 담근다. 그러고 나서 종이를 따라서 전장을 걸어준다.
그 pH에서 양전하를 띤 아미노산은 음극 쪽으로 이동한다. 음전하를 띤 아미노산은 양극쪽으로 이동한다. 이러한 이동은 전장을 끄면 정지한다. 전기영동 실험의 한 예를 알파 아미노산인 알라닌은 높은 pH에서는 양극 쪽으로 이동하고, 낮은 pH 에서는 음극 쪽으로 이동하며, 등전점에서는 이동하지 않는다.
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